Со дня образования предприятия и по настоящее время состав флота Малой судоходной компании претерпел значительные изменения. На 1 июня 1995 года весь флот состоял из судов, взятых в аренду у торгового порта. За этот период часть судов была списана с баланса порта в связи с большим физическим износом и нецелесообразностью их восстановления. Взамен списанных компания «МАСКО» приобретала новые суда - уже на собственные средства или методом кредитования, как у российских, так и у иностранных банков.